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El tratamiento de la cistitis depende de si es complicada o no complicada, y se deben tener en cuenta los factores de riesgo. El tratamiento con antibióticos contribuye a la eliminación de los microorganismos, al alivio de la sintomatología y previene la aparición de complicaciones, recurrencias o la cronificación del proceso.

El enfoque terapéutico es diferente ante un episodio esporádico o uno con cistitis de repetición. Los episodios esporádicos en mujeres tienden a tratarse de forma empírica. El antibiótico elegido debe ser efectivo frente a los patógenos habituales, alcanzar concentraciones suficientes en orina y con toxicidad baja, como las cefalosporinas, quinolonas, aminoglucósidos o fosfomicina trometamol. La vía de administración de elección, salvo que no sea posible, es la oral.

Respecto a la duración del tratamiento, algunos autores afirman que la terapia monodosis consigue la curación clínico-bacteriológica en más del 80% de los casos de cistitis no complicadas. Sin embargo, la pauta más aceptada actualmente es la de tres días con un antimicrobiano de amplio espectro, para que cese la sintomatología y el urocultivo sea negativo.

La tasa de resistencia microbiana a los antibióticos ha sufrido importantes variaciones en la última década. Las cepas de E. coli han mostrado un notable incremento en la resistencia a los antimicrobianos de uso habitual, sobre todo a quinolonas. Por tanto, las quinolonas, en España, no son actualmente un fármaco de primera elección.

Las opciones de tratamiento recomendadas para las cistitis incluyen la fosfomicina, algunos beta-lactámicos y cefalosporinas orales de segunda y tercera generación, y el cotrimoxazol (si las tasas de resistencia son menores del 10-20%).

Tratamiento de las cistitis recurrentes

En el caso de cistitis recurrentes, además del tratamiento antibiótico del episodio agudo, se contemplan también factores anatómicos o funcionales y la realización de prácticas higiénico dietéticas profilácticas, como la abundante ingesta hídrica, el lavado perineal frecuente, no retrasar la micción ante el inicio del deseo, o vaciar la vejiga antes y después del coito. El tratamiento antibiótico en estas pacientes suele ser de 3-7 días, desaconsejándose la dosis única. Si las infecciones persisten, se hace necesaria la administración de antisépticos urinarios profilácticos. 

En otros casos de cistitis recurrentes y con una importante afectación de la calidad de vida, no por la gravedad, sino por las molestias repetidas y frecuentes, se puede plantear el uso de antibióticos de manera cíclica, es decir, una semana de cada mes. 

En el caso de la bacteriuria asintomática, solo se recomienda tratarla en embarazadas y personas con enfermedades sistémicas como la diabetes, cirrosis, inmunodeprimidos, etcétera.

Otros tratamientos complementarios incluyen la aplicación tópica de estrógenos intravaginales a bajas dosis, y la administración de yogures orales ricos en Lactobacillus (o tópicos), que disminuyen la colonización vaginal por enterobacterias y también contribuyen al control de los episodios.

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